微生物是一切肉眼看不見或看不清的微小生物，個體微小，結(jié)構(gòu)簡單，通常要用光學顯微鏡和電子顯微鏡放大約1000倍才能看到，但也有些微生物是肉眼可以看見的，像屬于真菌的蘑菇、靈芝等。
微生物千姿百態(tài)，它們?yōu)榱俗约旱纳媾c繁衍在以自己特有的方式存在著。可能你從沒有看見過微生物，但是你可知道，牛奶是怎么變壞的？美酒是如何釀成的？吃下去的食物是如何消化吸收的？田里的秸稈殘茬又是怎么變得面目全非，甚至不見蹤影的？這些都是微生物的功勞。
土壤中微生物的種類較多，有細菌、真菌、放線菌、藻類和原生動物等。數(shù)量也很大，1克土壤中就有幾億到幾百億個。
大部分土壤微生物對作物生長發(fā)育是有益的，它們對土壤的形成發(fā)育、物質(zhì)循環(huán)和肥力演變等均有重大影響，當然也有那么些不被人喜歡的致病微生物。正是有了土壤微生物的默默耕耘，大地才會有春華秋實的生生不息。那么微生物在土壤中都干些啥呢?
一、土壤微生物可以形成土壤結(jié)構(gòu)
土壤并不是單純的土壤顆粒和化肥的簡單結(jié)合，作為土壤的活躍組成分，土壤微生物在自己的生活過程中，通過代謝活動的氧氣和二氧化碳的交換，以及分泌的有機酸等有助于土壤粒子形成大的團粒結(jié)構(gòu)，最終形成真正意義上的土壤。土壤微生物的區(qū)系組成、生物量及其生命活動對土壤的形成和發(fā)育有密切關(guān)系。
二、土壤微生物最顯著的成效就是分解有機質(zhì)
土壤微生物最顯著的成效就是分解有機質(zhì)，比如作物的殘根敗葉和施入土壤中的有機肥料等，只有經(jīng)過土壤微生物的作用，才能腐爛分解，釋放出營養(yǎng)元素，供作物利用，并形成腐殖質(zhì)，改善土壤的結(jié)構(gòu)和耕性。
然后，土壤微生物還可以分解礦物質(zhì)，土壤微生物的代謝產(chǎn)物能促進土壤中難溶性物質(zhì)的溶解。例如磷細菌能分解出磷礦石中的磷，鉀細菌能分解出鉀礦石中的鉀，以利作物吸收利用，提高土壤肥力。另外，尿素的分解利用也離不開土壤微生物。這些土壤微生物就好比土壤中的肥料加工廠，將土壤中的礦質(zhì)肥料加工成作物可以吸收利用的形態(tài)。
氮氣占空氣組成的4/5，但植物不能直接利用，某些微生物可借助其固氮作用將空氣中的氮氣轉(zhuǎn)化為植物能夠利用的固定態(tài)氮化物，有了這樣的土壤微生物，就相當于土壤有了自己的氮肥生產(chǎn)車間了。
在植物根系周圍生活的土壤微生物還可以調(diào)節(jié)植物生長，植物共生的微生物如根瘤菌、菌根和真菌等能為植物直接提供氮素、磷素和其他礦質(zhì)元素的營養(yǎng)以及有機酸、氨基酸、維生素、生長素等各種有機營養(yǎng)，促進植物的生長。土壤微生物與植物根部營養(yǎng)有密切關(guān)系。
土壤中存在一些抗生性微生物，他們能夠分泌抗生素，抑制病原微生物的繁殖，這樣就可以防治和減少土壤中的病原微生物對作物的危害。所以，土壤中的微生物其實也有不利的一面，比如病原微生物。
五、土壤微生物還可以講解土壤中殘留的有害物質(zhì)
微生物還可以降解土壤中殘留的有機農(nóng)藥、城市污物和工廠廢棄物。微生物把他們分解成低害甚至無害的物質(zhì)，降低殘毒危害。當然，這些所有的功能都是由不同種群的微生物完成的，每一個功能的實現(xiàn)也需要有大量的微生物共同工作才行。土壤中的微生物這么能干，你可能會想，要是能讓他們聽人類的話，想要他們干什么，他們就發(fā)揮什么功能就好了。嗯，沒錯，科學家們也是這么想的。現(xiàn)在，在醫(yī)藥衛(wèi)生事業(yè)、工農(nóng)業(yè)生產(chǎn)上，已經(jīng)有大量應(yīng)用微生物的例子。就拿土壤中的微生物來說吧，通過開發(fā)和篩選有效菌種，培育高效菌種，我們可以修復污染的土壤、生產(chǎn)菌肥、生物農(nóng)藥等等。
為了充分開發(fā)微生物（特別是細菌）資源，1994年美國發(fā)起了微生物基因組研究計劃(MGP)。通過研究完整的基因組信息開發(fā)和利用微生物重要的功能基因，不僅能夠加深對微生物的致病機制、重要代謝和調(diào)控機制的認識，更能在此基礎(chǔ)上發(fā)展一系列與我們的生活密切相關(guān)的基因工程產(chǎn)品，包括：接種用的疫苗、治療用的新藥、診斷試劑和應(yīng)用于工農(nóng)業(yè)生產(chǎn)的各種酶制劑等等。
通過基因工程方法的改造，促進新型菌株的構(gòu)建和傳統(tǒng)菌株的改造，全面促進微生物工業(yè)時代的來臨。到那時，土壤不再是黑箱，而是一個可以看得見的、摸得著的系統(tǒng)，在許多年以來土壤微生物學家所面臨諸多問題就可以解決了。土壤管理者可根據(jù)實際情況，通過各種措施，有目的的調(diào)理土壤微生物數(shù)目和種類，制定農(nóng)業(yè)生產(chǎn)措施；也可以根據(jù)土壤微生物客觀條件制定耕作制度。通過改進施肥、栽培制度、人為引入有益的土壤微生物等措施，來恢復原有的微生物群落或增加某些功能，從而抑制作物土傳病菌、提高土壤微生物多樣性，有助于土壤生態(tài)肥力的提高，從根本上防治作物土傳病害、連作障礙。人類對微生物功能的利用將更能“隨心所欲”了。
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